ANSI and 64-bit related cleanup - prototypes

Compiled with -Werror=missing-prototypes and
-Werror=implicit-function-declaration.  Fixed all cases so it builds
again.  Hopefully fixes cases of implicit pointers cased to int
where on x86_64 this results in half-pointers, a common cause of
segmentation faults.

This involved writing prototypes and making static many functions
which weren't, moving to header files external function prototypes,
including the proper header files in the code, etc.